No dia 2 de janeiro de 533, foi eleito ao pontificado “um candidato de consenso”, Mercúrio, um velho sacerdote da Basílica de São Clemente em Latrão; visto que se chamava Mercúrio, ou seja, o nome de uma divindade pagã, mudou seu nome para João, assumindo o nome do seu predecessor, Papa João I. Foi, de fato, o primeiro Papa a mudar o nome, fato que se tornou costume a partir de Gregório V (996-999).
Papa João II tinha bons relacionamentos tanto com o ostrogodo rei da Itália, Atalarico (526-534), quanto com o imperador do Oriente Justiniano (527-565). E é exatamente à relação entre o Papa João II e o imperador Justiniano que está ligado o episódio mais significativo deste pontificado.
Um decreto de Justiniano reconhecia a doutrina dos primeiros quatro concílios universais: o primeiro Concílio de Niceia (325), o primeiro Concílio de Constantinopla (381), o Concílio de Éfeso (431) e o Concílio da Calcedônia (451). Mas, o decreto incluía uma fórmula dogmática suscetível a interpretações, que, por exemplo, o Papa Ormisda havia recusado: “Um da Trindade sofreu na carne”. Para Justiniano o reconhecimento pontifício da fórmula interessava particularmente para conquistar para si, para a Igreja, mas sobretudo para a unidade do Império, os seguidores de uma doutrina muito difundida no Oriente, o monofisismo. Tal doutrina se opunha ao Concílio da Calcedônia, afirmando que Cristo tinha apenas uma natureza, enquanto que para o concílio havia duas naturezas em Cristo.
Os monges orientais Acêmetes – do grego akoìmetos, insones – de Constantinopla, grandes apoiadores da ortodoxia calcedonesa recorreram ao Papa contra a fórmula dogmática: João II tentou convencê-los a abandonarem a própria posição, mas, diante de sua recusa, os excomungou. O Papa escreveu ao imperador declarando ortodoxo o seu decreto. E Justiniano ficou muito feliz, inserindo no próprio Codex tanto a sua carta como a resposta do Papa. João II morreu no dia 8 de maio de 535.
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